A linha de pesquisa em Sociedades Humanas Pré-Históricas e Históricas tem como objetivo problematizar o modus vivendi das populações humanas que habitaram regiões geográficas em diferentes escalas, focando aspectos comportamentais dos grupos humanos e sua resposta material e imaterial frente aos contextos ambientais, paisagísticos e territoriais que estavam inseridos.
A linha de pesquisa em Cultura Material tem como objetivo principal estudar as relações tecnológicas entre as populações pré-históricas e históricas e os recursos naturais oferecidos pelo ambiente, manifestadas nos vestígios materiais encontrados nas inúmeras escavações e prospecções realizadas no âmbito do grupo de pesquisa.
A linha de pesquisa em Arqueologia e Gestão Integrada do Território destina-se aos estudos sobre o histórico das ocupações humanas e uso da terra por populações atuais, e sua potencial ameaça à integridade do Patrimônio Arqueológico e Paisagístico. Visa desenvolver projetos de Gestão Patrimonial com visão ampla e integradora, objetivando envolver os diversos atores formadores dos contextos sócio-políticos atuais.
A linha de pesquisa em Educação Patrimonial tem como objetivo a valorização do patrimônio arqueológico, de modo a propiciar o diálogo entre as comunidades humanas que atualmente habitam territórios que detém significativas informações arqueológicas. A compressão da importância da relação histórica dos diferentes aspectos culturais da sociedade será o foco estabelecido entre os pesquisadores, a comunidade que detém tal patrimônio e os demais atores envolvidos.