A investigação arqueológica é hoje um instrumento essencial para a afirmação da diversidade das identidades culturais dos grupos humanos, na sua radical unidade enquanto espécie. A compreensão da diversidade do comportamento humano passa hoje pelo resgate das evidências materiais, muitas vezes difusas e não monumentais, dos comportamentos de comunidades no passado mais ou menos remoto.
O estudo proporcionado pela arqueologia não apenas contribui para o reconhecimento dessa diversidade e unidade, mas contribui igualmente para o crescimento do conhecimento na sociedade e, por essa via, para uma sociedade mais consciente e crítica.
As vias de investigação arqueológica na Europa e na América Latina partem, dominantemente, de plataformas explicativas distintas. Enquanto que na Península Ibérica, como no resto da Europa, predominam os modelos explicativos de matriz histórica, que privilegiam a explicação dos processos de transformação no tempo, no Brasil e demais países Sul-Americanos dominam os modelos de matriz antropológica, concentrados primordialmente na explicação dos mecanismos adaptativos e sua complexidade no território. Estas abordagens são claramente complementares, mas a história das pesquisas tendeu a separar os circuitos acadêmicos de investigação.
O projeto de organizar Jornadas de Arqueologia Ibero-Americana nasceu em 2003, na sequência de vários anos de cooperação entre o Instituto Politécnico de Tomar, diversas Universidades do Brasil e o IPHAN. Esta cooperação foi alargada e reforçada a partir de 2004 com o programa de Mestrado IPT/UTAD em Arqueologia Pré-Histórica e Arte Rupestre (Master Erasmus Mundus em Quaternário e Pré-História), e a partir de 2006 com o Doutoramento da Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro em Quaternário, Materiais e Culturas.
As Jornadas anteriores tiveram lugar tanto no Brasil como em Portugal e permitiram sobretudo uma articulação acadêmica maior entre os pesquisadores portugueses e brasileiros, envolvidos em diversos projeto comuns. Na sua base organizou-se um grupo de pesquisa, aberto a novas colaborações, em que se associam cerca de duas dezenas de investigadores. As jornadas são abertas a todos os investigadores interessados na Pré-História e Arqueologia da América do Sul.
Investigadores com campos de pesquisa em Angola e com participação freqüente nas Jornadas de Arqueologia Ibero-americanas propuseram na VIII Jornadas, sediadas em Mação, a Criação da I Jornadas de Arqueologia Transatlântica contemplando com isso abranger as temáticas levantadas naquele país. Como proposta também vincula-se as Jornadas de Arqueologia Ibero-americanas com as Jornadas de Arqueologia Transatlântica acontecendo com isso sempre concomitantemente.
A coordenação do referido evento na Unesc está sob a responsabilidade dos Grupos de Pesquisa em Arqueologia e Gestão Integrada de Território e Ecologia de Paisagem e de Vertebrados.